Amandemen UUD 1945 yang terjadi sebanyak empat kali pada tahun 1999 hingga tahun 2002 yang lalu memiliki pengaruh yang cukup besar pada kekuasaan kehakiman di Indonesia. Dua buah institusi baru diperkenalkan, yaitu Mahkamah Konstitusi sebagai pelaku kekuasaan kehakiman tertinggi di samping Mahkamah Agung, serta Komisi Yudisial. Perubahan-perubahan tersebut terjadi dalam dua tahapan, yaitu pada amandemen ke-3 yang terjadi pada tahun 2001 dan amandemen ke-4 yang terjadi pada tahun 2002. Ketentuan mengenai Kekuasaan Kehakiman yang pada awalnya hanya terdiri dari tiga buah ketentuan berubah secara drastis menjadi 19 buah ketentuan.